La Dirección General de la Marina Mercante cuenta con 13 Capitanías de Puerto en el territorio Nacional en los Puertos Mayores y Menores, bajo la responsabilidad del departamento de Capitanías de Puerto con sede en Tegucigalpa, Honduras con un Centro de Información Marítima las 24 horas y 365 días del año.

Funciones y Responsabilidades de acuerdo a su Ley Orgánica en el Titulo V, Capitulo I Articulo 96, 97,98.

En particular les corresponderá:

• Autorizar a prohibir la entrada y salida de buques en las aguas territoriales de Honduras.
• Determinar por razones de Seguridad Marítima las zonas de fondeo y de maniobra en los espacios Marítimos de Honduras.
• Regular uso de canales de entrada y salida de Puertos.
• Registros de Embarcaciones Menores.
• Monitoreo Satelital de toda la flota Nacional.
• Coordinación de Búsqueda y Salvamento Marítimo.
• Supervisión del medio ambiente Marítimo

Las Capitanías de puerto y sus respectivas jurisdicciones en las funciones reglamentarias siguientes:

• Autorizar o prohibir a buques la entrada y salida de aguas territoriales de Honduras.
• Determinar por razones de seguridad Marítima las zonas de fondeo de espacios marítimos de Honduras, sin perjurio de las facultades de la autoridad Portuaria.
• Regular el uso de los canales de entrada y salida de los puertos.
• Regular las maniobras incluido el atraque a realizar por los buques que parten mercancías peligrosas.
• Vigilar y regular y, oportunamente prestar los servicios de practicaje y remolques cuando sean necesarios
• Inspeccionar y vigilar la inspección técnica de los buques mercancías peligrosas.
• Funcione relativas a la seguridad marítima y lucha contra la contaminación del medio ambiente Marítima en lo referente a buque plataformas y otras instalaciones Marítimas.
• Salvamento Marítimo
• Monitoreo Satelital de embarcaciones de la flota Nacional